平定西南叛乱汉武帝刘彻驾崩后，西南部分地区开始不服汉朝统治，多次发生反叛。始元元年（公元前86年）夏，益州等地二十四邑夷民反汉，汉昭帝遣水衡都尉吕破胡，率军迅速将其平息，划分河内归属冀州、河东归属并州。始元四年（公元前83年），西南姑缯、叶愉等夷民部落再次起兵反汉，昭帝复命吕破胡率军征讨。由于吕破胡此次未能迅速进抵益州，致益州太守被杀，死伤四千余人。
始元四年（公元前83年）冬，为平定反叛，西汉朝廷又命汉朝将军王平、田广明率部征讨，并调句町侯毋波的亲兵武装配合，至始元五年秋，汉军捕斩夷民三万余人，虏获牲畜五万余头，遂平益州郡，钩町侯毋波斩首捕虏有功，封为句町王，封邑句町国，享受国县并置的特殊待遇。
经济在武帝晚期，因对外战争、封禅等造成国力严重损耗，发布《罪己诏》，及时扭转了对国内外的方针政策。昭帝即位后，延续了武帝末期与民休息的政策，对内继续休养生息，多次下令郡国官员以劝勉农桑为首要政务，并躬耕于钩盾弄田、上林苑，示民从事农桑，调动农民的生产积极性。为了减免穷困百姓的负担，昭帝多次颁布了减免田租、口赋及其他杂税的诏令，凡遇郡国遭受水旱及地震灾害，当年租赋徭役皆免，并颁布“令民得以律占租”的法令，废除了律外苛税。
同时，采纳盐铁之议时，贤良文学的意见，停止了酒类专卖，免去酒类专卖官吏；并罢不急之官，体民间疾苦。在昭帝一系列措施下，汉武帝奢侈无度、连年征战所导致的“海内虚耗，户口减半”的形势终于得以显着扭转。因此，昭帝之世，“百姓充实，四夷宾服”。
在外交上，关于北方边境：昭帝一方面加强北方戍防，多次击败进犯的匈奴、乌桓等，另一方面重新与匈奴和亲，并派使者要求放回苏武等人，以改善双方的关系。西南边境：加封钩町侯毋波为句町王，使其掌管封地句町国，以稳定西南的政局稳定。西域方面：因龟兹、楼兰联合匈奴，杀汉使官，元凤年间，派傅介子出使大宛前去问责，使龟兹王和楼兰王服罪，并于龟兹斩杀了匈奴使者。
元凤四年（公元前77年），昭帝再次派遣傅介子前往楼兰，傅介子以发放汉廷赏赐为名，携带黄金锦绣至楼兰，于宴席中斩杀楼兰王安归，另立在汉楼兰质子尉屠耆为王，改国名为鄯善，迁都于扜泥城，成功解决了西域问题。
在文化上，
汉武帝时期创建太学，但规模很有限，只有几位经学博士（专掌经学传授的官员），到汉昭帝时增加到一百人。太学的兴立，进一步有效地助长了民间积极向学的风气，对于文化的传播起到了重大的推动作用，同时使大官僚和大富豪子嗣垄断官位的情形有所改变，一些出身社会下层的“英俊”之士，逐渐得到了入仕的机会。在对待秦朝的思想方面，西汉的官方历史意识，在汉武帝之后开始发生变化，从含糊的泛泛否定转而为总体否定，否定中不再包含肯定，对秦文明的分析态度开始消失，尤其体现在贤良文学者的议论中。
在桓宽《盐铁论》中，就有不少涉及批判秦文明的篇章：《诛秦》、《周秦》、《伐功》、《申韩》、《备胡》等。另外，昭帝时期还是汉代漆器生产的发达时期；元凤年间的沂水鲍宅山凤凰画像是现存最早的画像石；最早的完整箭支，也是昭帝始元六年（公元前81年）所制。
对于他，历史评价，班固：昔周成以孺子继统，而有管、蔡四国流言之变。孝昭幼年即位，亦有燕、盍、上官逆乱之谋。成王不疑周公，孝昭委任霍光，各因其时以成名，大矣哉！承孝武奢侈余敝师旅之后，海内虚耗，户口减半，光知时务之要，轻徭薄赋，与民休息。至始元、元凤之间，匈奴和亲，百姓充实。举贤良、文学，问民所疾苦，议盐、铁而罢榷酤，尊号曰“昭”，不亦宜乎！[
]曹丕：夫孝昭，父非武王，母非邑姜，体不承圣，化不胎育，保失仁义之德，佐无隆平之治，所谓生深宫中，长妇手矣，德与体并，智与性成。曹植：周公以天下初定，武王既终，而成王尚幼，未能定南面之事，是以推己忠诚，称制假号。二弟流言，邵公疑之，发金滕之匮，然后用寤，亦未决也。至于昭帝所以不疑于霍光，亦缘武帝有遗诏于光。使光若周公践天子之位，行周公之事，吾恐叛者非徒二弟，疑者非徒邵公也。且贤者固不能知圣贤，自其宜耳。昭帝固可不疑霍光，成王自可疑周公也。若以昭帝胜成王，霍光当逾周公邪？
李世民：昔汉昭帝之保霍光，魏太祖之明程昱，朕之不德，庶几于此。[]李德裕：①人君之德，莫大于至明，明以照奸，则百邪不能蔽矣，汉昭帝是也。周成王有惭德矣，高祖、文、景俱不如也。②使昭帝得伊、吕之佐，则成、康不足侔矣。苏辙：昭帝享国十三年，年甫及冠，功未有见于天下，其不及成王者亦远矣。天寿虽出于天，然人事常参焉。故吾以为成王之寿考，周公之功也；昭帝之短折，霍光之过也。司马光：以孝昭之明，十四而知上官桀之诈，固可以亲政矣。
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