郑芝龙，号飞黄，福建漳州府漳镇人，漳镇离府城约六十里，临近海滨。他的父亲叫郑翔宇，祖父叫郑寿寰，家中世代担任府衙幕僚。郑芝龙在家排行第四，他的三个哥哥也都在府衙任职。十八岁时，因为府衙职位空缺，郑芝龙需要填补官差，已经定好了吉日准备上任。因其父亲娶有多位妾室，其中生下第六子的母亲与郑芝龙产生了感情纠葛。有一次，这名女子为郑芝龙理发时，郑芝龙把手伸入她的裙腰亲密互动，他的父亲突然从后面走出，郑芝龙惊慌之中拉扯裙子，不小心扯断了裙带。父亲亲眼目睹这一情景，勃然大怒，手持棍棒愤怒地追逐郑芝龙，郑芝龙匆忙逃到一艘停泊在附近的飘洋船上。他的父亲勃然大怒，厉声斥责，并决定找出郑芝龙杀了他。船只马上就要启航，郑芝龙没有办法回家，便恳求船上的大商人带他去日本。郑芝龙因其相貌出众，善于交际，多为商人很喜爱他，于是便同意带他同往。
抵达日本后，其他商人都忙于发货、进货，郑芝龙则闲暇无事，每天与日本岛屿主人一同宴饮歌舞。在这个过程中，他与岛上主人家的一位女子产生感情，这位女子就是后来国姓爷郑成功的母亲。郑芝龙入赘为日本人家的女婿，带他前来的商船回去了，他没有回，并与该女子育有一子，即郑成功。
过了一年后，当初搭载郑芝龙的船只再次来到日本，郑芝龙只身搭乘船只回国，但在途中被海盗劫持。郑芝龙随身携带价值千金的货物，他把货物分给了主寨的海盗头目，因此得到海盗们的信任。
海盗共有十个寨子，每个寨子都有一个头目，过了一年，郑芝龙所在的寨子头目患病且病势沉重，其他九个头目为他举行祭祀祈福，郑芝龙泪求头目在祭祀后举办宴会，并请求大家放他出去抢劫一次，无论收获多少都依他天命。头目答应了他的请求，其他众人也都没有意见。郑芝龙成功劫掠四艘来自暹罗的船只，每艘装载的货物价值约二十多万两，九个头目信守承诺，将所有财物都给了郑芝龙。郑芝龙因此迅速积累起超过十个寨子的财富，在海上以富有而受到尊重，原来的寨主去世后，他也成为了十个头目之一。
郑芝龙得知家中发生变故后，便带着巨额财富回到家乡，购置了苏杭的精美绸缎和两京皇宫的珍宝古玩，从事琉球、朝鲜、真腊、占城、三佛齐等国的商贸活动，并且劫掠侵犯广东、潮州、惠州、广州、肇州、浙江、福建、台湾等地。这些事情发生在明朝天启初年。
闽粤两地巡抚为了解决郑芝龙的海盗问题，派遣海道张浚、李芳枝等人先行驻扎海边，大张旗鼓，集结王汉等军队准备围剿。然而不到三天，两海道官员就被郑芝龙擒入海寨，两巡抚懊悔不已，剿匪、招安政策又拿不定主意，不得不上报朝廷。郑芝龙则每日在海上设宴款待两位海道官员，恐吓侮辱他们，但始终没有对他们造成致命威胁。三个月后，朝廷下达主抚的旨意，并在漳州设立了参将府镇守之位等待郑芝龙归顺，郑芝龙于是挟持这两位海道官员登岸赴任新职。两位巡抚因为可以推卸责任，就为郑芝龙上报功劳，朝廷给予了不同级别的官职和荣誉。郑芝龙更是赠送了大量财物，收到财物的人无不高兴。
海上九个寨子盗贼中为主的叫刘香。他效仿郑芝龙，成为海边的一大祸患。郑芝龙则竭力对付刘香，逼得他几乎走投无路。刘香非常恨郑芝龙，探查到郑芝龙在漳镇的住处后，派遣手下将其住所团团围住并抓获郑芝龙。郑芝龙却说，他受不了岸上贪官污吏的束缚，正打算重回海盗队伍。他询问出船只停泊地点后，先让家人登船，又将家中所有财物搬上船。他说：“屋子里有很多酒肉，何不尽情享用后离开呢？”于是郑芝龙让人准备酒菜，挑选最精致美味的食物让海盗们享用，直到他们都吃得酒足饭饱，酩酊大醉，一个个力气尽失，瘫倒在地，甚至有的倚靠在墙壁上昏睡过去。这时突然锣响响起，海盗们的头颅纷纷落地。
随后，郑芝龙让家丁穿上海盗们的衣服盔甲，驾驶刘香的船只，站在船头。刘香远远看见自家船上来，大喜过望，对着与郑芝龙大喊：“来啦！”郑芝龙也回答喊到：“来啦！”然后郑芝龙突然跃上岸，趁刘香不备，举刀便砍，一刀斩杀了刘香，其余人见状纷纷投降。从此，海上一片太平。郑芝龙的旗号航行于各国之间，在浩渺的海洋中行驶，犹如内地一般方便。
巡抚等官员再次为郑芝龙上报战功，他因此升任漳潮两府副总兵。后来在崇祯末年，郑芝龙竭力谋求福建省总兵的职位，携带十万两银子前往京城，各级官员虽然贪心银两，但胆子太小，不敢推荐。崇祯十七年（公元1644年）三月，这批银子落入流贼手中。到了弘光朝，马士英将郑芝龙封为五等爵位靖海侯。到了隆武朝，郑芝龙上奏说自己在日本有个儿子，隆武帝召其回国，并认作亲子，赐予国姓。不久后，郑芝龙归顺清朝（以上事迹由郑芝龙家族的女婿翁吉炉所述）。
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